Журнал биомаркеров Открытый доступ

Абстрактный

Биоинформатический анализ дифференциально экспрессируемых генов и их функционального обогащения при остром миелоидном лейкозе, несущем транслокацию MLL

Юнджин Тан, Цзиньюань Чжэн, Сяомэн Фу, Ян Чен и Дунхун Линь

Предыстория: Хромосомные транслокации гена лейкемии смешанного типа (MLL; tMLL) коррелируют с устойчивостью к терапии и крайне плохим прогнозом для людей с острым миелоидным лейкозом (ОМЛ). Лежащие в основе механизмы до сих пор неизвестны. Целью данного исследования является выявление ключевых генов и потенциальных молекулярных механизмов, вовлеченных в перестройку MLL при ОМЛ, с использованием биоинформатического подхода.

Методы: Профили экспрессии генов 15 человек с частичной тандемной дупликацией гена MLL (MLL-PTD)-AML и 10 образцов tMLL-AML были загружены из базы данных Gene Expression Omnibus (GEO). Были выбраны дифференциально экспрессируемые гены (DEG) и проведены анализы функционального обогащения. Сеть белок-белкового взаимодействия (PPI) была установлена ​​и визуализирована в Cytoscape. Гены-концентраторы были идентифицированы CytoHubba, а значимые модули были отсеяны с помощью Molecular Complex Detection (MCODE).

Результаты: Мы классифицировали в общей сложности 885 DEG, включающих 330 генов с повышенной и 555 с пониженной активностью. Большинство DEG были значительно обогащены для трансмембранного транспорта ионов кальция, морфогенеза эмбриональной скелетной системы и процессов пролиферации клеток. Было обогащено несколько путей, включая те, которые связаны с сигнализацией PI3K-Akt и резистентностью к инсулину. Мы идентифицировали 32 гена-концентратора и отсортировали 2 модуля.

Заключение: Гены, которые мы идентифицировали в этом исследовании, могут представлять собой потенциальные биомаркеры ОМЛ с перестройкой MLL и способствовать разработке новых терапевтических стратегий.