Загрязнение водных систем (примеры: озера, реки, океаны, водоносные горизонты и грунтовые воды) большим количеством отходов, которые отрицательно влияют на воду, называется водным загрязнением. Этот тип экологической депривации возникает, когда вредные загрязнители прямо или косвенно попадают в водные системы без удаления вредных соединений. Загрязнение вод напрямую приводит к страданиям организмов и растительности, выживающих в воде, в том числе амфибий. Основными источниками водного загрязнения являются промышленные отходы, горнодобывающая деятельность, сточные и сточные воды, морские сбросы, сжигание ископаемого топлива, случайная утечка нефти, глобальное потепление, атмосферное осаждение, городское развитие и т. д.